中、蒙医由于理论体系的不同，实践经验有别，所以对药物的认识和应用也就必然有所差异。许多常用药物，在两者的医药理论体系中，其功效、主治、药用部位都可能差别很大。 在众多的蒙药中有不少药材是蒙药专用品种(只有蒙医习惯使用的药物)，约有140种。如：广枣，蒙医用于心悸、心绞痛、心脏痛；沙棘，蒙医用于止咳去痰、活血化瘀；蓝盆花，蒙医用于清肺热和治疗肝热病；文冠木，蒙医用于清热燥湿，治疗风湿痹证。现代有关科学研究都证实了它们的药效确切，疗效可靠。这些药物中医不用或很少用。 还有许多药材蒙医用，中医也用，这类药材习称中蒙药交叉品种。在常用蒙药中约有180种。这些药材虽然中医和蒙医都用，但用法却不尽一样。以诃子为例，蒙医视为众药之王，广泛应用，认为“诃子具咸外五味”(清·伊希巴拉珠尔《认药白晶药鉴》)，“为主治诸病上品”(清·罗布桑却配勒《蒙医药选编》)，主治“三邪”诸症、血症、黄水症以及解毒、调中、补益。因此，临床各种配方常不可少之。如清·吉格木德丹金扎木苏的《观者喜》316种方中，含有诃子的药方占一半多，足见诃子是蒙药中最常用品种。而中医则一般以其涩肠止泻，敛肺和咽，在其他方面用得很少。 有些蒙药与中药虽然来源于同种植物，但是取用部位不尽相同。如：达乌里龙胆，蒙药用其花(小秦艽花)，中药则用其根作秦艽用；石榴，蒙药用其果实或种子，中药则用果皮；上边谈到的广枣，蒙药用它的果实，中医偶有用其树皮治烫伤；草乌，中药仅用它的块根，蒙药不但用其块根，还分别用草乌芽、草乌花，真可谓对草乌资源的充分利用。 随着《四部医典》传人蒙古地区，藏药对蒙药的发展起了促进作用，同时部分藏药被蒙医收用，因此，还有许多药物蒙医和藏医同样用，这类药物习称蒙藏交叉品种。在常用蒙药中，象这类药材约有35种。此外象沙棘、多叶棘豆、硬毛棘豆、香青兰、蓝盘花、黄花黄苹、冷篙等有着蒙古高原特点的地产药材为蒙药的主体，其中甘草、蒙古黄芪、麻黄、锁阳、肉苁蓉等又是内蒙古的特产，闻名国内外。
（一） 来源的不同
     1、是来自无污染的大草原，是纯正的绿色药品。
     2、原材料取材方式的区别：蒙药除了它的无污染的大草原外，采摘方式上结合现代科学和传统经验主要特点如下：采大不采小，采“上”不采“下”，寒性药物在秋季早晨日出前，下午日落后，挂露时采摘。热性药材在夏季三伏天，中午烈日头时采摘方可最大程度的保护药物物性。之后寒性药材阴干，热性药材烈日下烘干等都体现了与中药的不同之处。

（二）炮制方法的不同：
　　1、如草乌的泡制是用诃子的浸汤（诃子和水的比例是为30：100）浸泡7天，即可降低草乌的毒性，至而丝毫不影草乌的有效成分。
　　2、用牛奶、蜂蜜等补品不来增加药物的可用性，例如：炮制听牛奶中煎煮4小时以上，使人体完全的吸收和利用。蜂蜜用来造型、固型，去除药物的异味和增强其药的活性。

（三）服用方法的不同：
　　1、加药引子服用法：在蒙药千年的历史、蒙古民族传统组方的基础上不断摸索如何最大程度的增强药物疗效，并在生活实践中积累出系列经验和方法。药引子加服法就是其中之一。
　　2、散剂可以直接用凉白开或用药引送服即可，蒙医学理论中分
为热、中、寒等不同的病症说法。如热时用白糖水、鲜奶等为药子。中性病症时用羊肉汤、骨头汤、酥没油茶等。寒症时用白酒,红糖水做药引子。应结合现代科学灵活运用，加减增补，增强疗效。
　　3、 汤剂用温水微煮，晾凉即可服用。
　　4、 热性药物在饭前服用，寒性药物在惚后服用，烈性药物在睡
前服用等。
　　5、 蒙成药汤剂和散剂都是研成粗粉或细粉等方面与中药有很大
的区别。中药则把饮片大致段结合水煮煎熬很长时间后，提出药渣服用清汤，如此加工过程中或多或少影响了药物的有效成分。因此蒙药用上述方法来免除上一些不必要的损耗。

（四）单药入方上的不同：
　　1、蒙药多数以生药入药，不影响药物的有效成份。
　　2、重金属入药，能直接补充人体需的微量元素。
　　3、动物脏器入药充分展现了肾补肾，以肝蒙医传统的特色。而且完全。

（五）其它：
　　蒙药除了中药常用饮片外，它有着独有的一些药材，如：万年灰、黑冰片、草乌花、漏芦花、珍珠杆、多叶棘豆等50多种。因此在它们的成功基础上，更加展现了蒙药的不同之处.